De façon générale, le Lac Tanganyika est oligotrophique, et peut être considéré comme salubre et sans problèmes en rapport avec la diminution de la qualité de l'eau causée par l'enrichissement des éléments nutritifs. Cependant, certains endroits comme Kigoma Bay, manifestent des tendances à l 'eutrophisation, qui sont sujet à préoccupation.

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